یک دهه بعد، توتو شاهد پایان آن رژیم آپارتاید بود و ریاست یک کمیسیون حقیقت و آشتی را بر عهده گرفت که برای کشف جنایات مرتکب شده در آن روزهای سیاه تشکیل شده بود.
سیریل رامافوسا، ریسجمهور آفریقای جنوبی مرگ این روحانی را "فصلی دیگر از سوگواری در وداع ملت با نسلی برجسته در آفریقای جنوبی است." توصیف کرد.
آقای رامافوسا گفت که اسقف اعظم توتو در به جا گذاشتن "آفریقای جنوبی آزاد" کمک کرد.
توتو معاصر با نلسون ماندلا، نماد ضد آپارتاید و یکی از نیروهای موثر در جنبشی بود که به سیاست تبعیض نژادی پایان داد، سیاستی که توسط دولت اقلیت سفیدپوست علیه اکثریت سیاهپوست در آفریقای جنوبی از سال ۱۹۴۸ تا ۱۹۹۱ اعمال شد.
توتو از سوی سیاهان و سفیدپوستان به عنوان وجدان ملت و گواهی ماندگار بر ایمان و روح آشتی در یک ملت از هم پاشیده نگرسته میشود
اسقف توتو برضد ظلم اقلیت سفیدپوست موعظه کرد و حتی پس از پایان آن، هرگز در مبارزه خود برای آفریقای جنوبی عادلانهتر تردید نکرد.
در سالهای پایانی عمرش، توتو از اینکه رویای "ملت رنگین کمانی" اش هنوز محقق نشده بود، متاسف بود.
این مبارز ضد آپارتاید در اواخر دهه ۱۹۹۰ به سرطان پروستات مبتلا شد و در سال های اخیر چندین بار برای درمان عفونتهای مرتبط در بیمارستان بستری شد.