منابع به افغانستان اینترنشنال می‌گویند طالبان به سه شاخه تقسیم شده‌اند: شاخه اول شامل افرادی است که در روند صلح با آمریکا شرکت داشتند و تحت رهبری ملا برادر هستند، شاخه دوم، نظامی و به رهبری ملا یعقوب فرزند ملاعمر است و شاخه سوم شبکه حقانی است که رهبری آن با سراج‌الدین حقانی است.
پیش از این گزارش‌هایی درباره اختلافات درون گروهی بین طالبان و شبکه حقانی وجود داشته است اما طالبان آن را رد کرده است. برخی کارشناسان می‌گویند که با گماشتن ملاحسن آخند، به عنوان رئیس الوزرای طالبان، در واقع ملا برادر به حاشیه رانده شده است.
در هفته‌های نخست قدرت‌گیری طالبان، ملابرادر در پی مشاجره و درگیری لفظی با یکی از رهبران شبکه حقانی، به قندهار رفت اما مدتی بعد به کابل بازگشت و وجود هرگونه اختلاف در سطح رهبری طالبان را کتمان کرد.
