مسجد جامع هرات از معدود آثار تاریخی افغانستان است که از گزند جنگ نسبتاً در امان بوده است. این مسجد از گذشته‌ها چند پروژه مراقبتی و بازسازی دوامدار داشته است.

حالا منابع محلی به افغانستان اینترنشنال می‌گویند گروه طالبان پول همه این پروژه‌ها را قطع کرده است.

یکی از این پروژه‌ها، مراقبت از بام‌های مسجد جامع بوده است. از نامه‌نگاری‌ها میان ریاست اطلاعات و فرهنگ هرات و وزارت شهرسازی و مسکن بر می‌آید که این وزارت بودجه نگهداری و ترمیم بام‌های خشت‌فرش مسجد را تامین می‌کرده است.

بام‌های این مسجد، سال به سال با روش‌های کارشناسی شده بازسازی می‌شد. در این روش، ابتدا با برداشتن روکش قبلی، بام سبک می‌شد تا روکش تازه، باعث سنگینی بام و فروریختن مسجد نشود.

وزارت شهرسازی و مسکن طالبان در هفته‌های اخیر، در پاسخ به نامه‌ سال گذشته ریاست حفظ آبدات تاریخی وزارت اطلاعات و فرهنگ گفته است که پولی برای این پروژه ندارد.

معین مالی وزارت شهرسازی و مسکن طالبان در هفته‌های اخیر، در پاسخ به نامه‌ سال گذشته ریاست حفظ آبدات تاریخی وزارت اطلاعات و فرهنگ با موضوع "پرداخت پول شرکت‌های قراردادی اعمار بام‌های خشت‌فرش مسجد جامع هرات" نوشته است: این وزارت بودجه انکشافی برای این منظور ندارد.

یک منبع محلی به افغانستان اینترنشنال گفت زمستان گذشته (زمان ارسال نامه درخواست بودجه) بام‌های مسجد جامع تاریخی شهر هرات با پلاستیک پوشانده شد تا آب باران و برف به داخل ساختمان مسجد رسوخ نکند.

یک کارمند وزارت مسکن و شهرسازی به نقل از یک عضو گروه طالبان گفته است که مسجد جامع هرات در دوره جمهوریت با حمایت و پول "کفار" بازسازی می‌شد، جای شرم است که در دوره "امارت اسلامی" این بنای باستانی تخریب شود.