کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان به تصمیم طالبان مبنی بر لغو این نهاد واکنش نشان داد. در اعلامیه‌ای که از آدرس این کمیسیون منتشر شده، آمده است: "تصامیم حاکمیتی که مشروعیت ملی و بین‌المللی ندارد و بر بنیاد اراده مردم شکل نگرفته، نمی‌تواند سبب حذف کمیسیون مستقل حقوق بشر شود."
در این اعلامیه، تصمیم حذف کمیسیون از سوی طالبان یک "عمل‌کرد ناشیانه" خوانده شده است.
کمیسیون می‌گوید بر بنیاد اصول جهان‌شمول و پذیرفته شده حقوق بشری، هر دولت ملتی دارای نهاد ملی حقوق بشر می‌باشد و کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان براساس سند قبول شده بین‌المللی "اصول‌نامه پاریس" و قانون اساسی که ناشی از اراده مردم کشور می‌باشد، ایجاد شده است.
در متن اعلامیه‌ای که از آدرس این کمیسیون منتشر شده، آمده است که در شرایط دشوار کنون، بیشتر از هر زمان دیگر مردم افغانستان به نهادهای نظارت از وضعیت حقوق بشر نیاز دارند.
این نهاد اعلام کرده است که با نهادهای مدنی، فعالان حقوق بشر، مدافعان حقوق زن، شخصیت‌های متخصص عرصه حقوق بشر، فعالان رسانه‌ای مدافعان حقوق شهروندی و سایر بازیگران ارزش‌های دموکراتیک همکاری مستقیم دارد و فعالیت‌های خود را برای نظارت، ارزیابی، ترویج، انکشاف و دفاع از حقوق بشر در افغانستان ادامه خواهد داد.
گروه طالبان روز دوشنبه، ۲۶ ثور اعلام کردند که شش اداره از جمله کمیسیون مستقل حقوق بشر را منحل کرده‌اند..
انحلال کمیسیون حقوق بشر با واکنش سازمان‌های حقوق بشری و سازمان ملل متحد رو به رو شد.
میشل باشله، کمیسر عالی حقوق بشر سازمان ملل انحلال این نهاد حقوق بشری در افغانستان را اقدامی «عمیقا واپس‌گرایانه» خواند.
شهرزاد اکبر، رئیس پیشین کمیسیون مستقل حقوق بشر نیز پیش از این به خبر انحلال این کمیسیون واکنش نشان داده و گفته بود اینکه در رژیم طالبان آموزش ممنوع است، نهادهای حقوق بشری منحل و حملات انتحاری ستایش می‌شوند، یادآور تلخ نابودی یک ملت است.
پس از این تصمیم طالبان، کمیسیون حقوق بشر اعلام کرد که فعالیت‌های خود را به صورت مستقل پیش خواهد برد.
