کریم خلیلی می‌گوید حکومت طالبان یک اداره انحصاری قومی، گروهی و ایدئولوژیکی است و به رسمیت شناختن آن پا گذاشتن روی ارزش‌های حقوق‌بشری است.او در پیامی به مناسبت سالگرد عبدالعلی مزاری رهبر فقید حزب وحدت اسلامی گفت رفتارهای تبعیض‌آمیز و ناامیدی از آینده شاخص‌های افغانستان امروز است.
عبدالعلی مزاری، بنیانگذار حزب وحدت اسلامی افغانستان بود که توسط گروه طالبان کشته شد. پس از کشته شدن عبدالعلی مزاری، آقای خلیلی رهبری این حزب را بر عهده گرفت.
کریم خلیلی می‌گوید که اکنون گروه‌های قومی، مذهبی و زبانی از ساختار حکومت و تصمیم‌گیری به حاشیه رانده شده و با آنها مانند «بیگانه» رفتار می‌شود.
طالبان پس از تسلط دوباره بر افغانستان، گروه‌های قومی و مذهبی و زنان را از حکومتداری حذف کردند. در بیش از یک سال گذشته، بارها جامعه جهانی و کشورهای منطقه از طالبان خواسته‌اند که حکومت فراگیر با حضور همه اقوام و زنان تشکیل دهد. مطالبه‌ای که طالبان همواره آن را نادیده گرفته است.
کریم خلیلی در این پیام گفته است که زنان از ابتدایی‌ترین حقوق شان محروم شده‌اند. به گفته وی، با گذشت زمان فضای بی‌اعتمادی و برخورد امنیتی با گروه‌های مختلف قومی گسترده‌تر شده و این وضعیت سبب شده است که نگرانی و ناامیدی عمومی نسبت به آینده افغانستان در بالاترین حد برسد.
در بخشی از پیام آقای خلیلی آمده است : «آنچه که بیش از همه تأسف‌بار می‌باشد ارائه یک تصویر ضدانسانی و قرون وسطایی از اسلام عزیز است که فرصت هر نوع تعامل با دنیایی در هم تنیده و وابسته به یکدیگر را برای افغانستان مسدود ساخته است.»
کریم خلیلی تاکید کرده است که تفسیرهای خاص و سلیقه‌ای از آموزه‌های اسلام و رفتار زن‌ستیزانه به نام شریعت بیشتر ریشه در فرهنگ و رسوم محلی و قبیله‌‌ای دارد.
آقای خلیلی تاکید کرده است که امروز در افغانستان تحت حاکمیت طالبان، مردم از حقوق برابر شهروندی، حق مشارکت در تعیین سرنوشت و مدیریت سیاسی افغانستان محروم شده و «تقابل و خشونت، انحصار و استبداد» برقرار شده است.
کریم خلیلی در دوره حامد کرزی، معاون دوم ریاست‌جمهوری بود. او در آستانه بیست و هشتمین سالگرد کشته شدن عبدالعلی مزاری، «شهید وحدت ملی» می‌گوید: «مردم افغانستان حکومت هیچ گروه تک قومی، ایدئولوژیکی و سیاسی را با رویکرد انحصاری و استبدادی بر نمی‌تابند.»
آقای خلیلی افزوده است که صلح و ثبات در افغانستان با سیاست ارعاب و تهدید، جنگ و خشونت تآمین نمی‌شود. او گفته است که برای رسیدن به صلح واقعی نیاز به مدارا، تساهل و گفتگو است.
