در ادامه انتقادات تند مطبوعات داخلی ایران، روزنامه جمهوری اسلامی در مقاله‌‌ای ضمن ستایش از احمد مسعود گفته که دولت ایران در رابطه‌اش با طالبان تجدید نظر کند. این روزنامه نزدیک به حاکمیت، به طالبان هشدار داد که «ایران وحشی‌تر از آنان را دفن کرده و اینان صفر هم به شمار نمی‌آیند.»
این روزنامه که نخستین صاحب امتیاز آن رهبر جمهوری اسلامی بود، با عصبانیت حرف‌های تهدیدآمیز و تمسخرآمیز چهره‌های نزدیک به طالبان در مورد جمهوری اسلامی را «رجز خوانی‌های خام برخی وابستگان به این گروهک» توصیف کرده است.
این روزنامه با اشاره به این تهدیدها نوشت: «این را بدانند که ما وحشی‌تر از آنان را که داعشی‌های خونخوار باشند، دفن کرده ایم. اینان که چیزی بیش از صفر به شمار نمی‌آیند.»
با این که مقامات ایرانی برای کاهش تنش‌ها با طالبان، در پی ناچیز جلوه دادن تنش‌های اخیر مرزی اند، اما روزنامه‌های داخلی، به خصوص مطبوعات نزدیک به رژیم ایران، با الفاظ شدید از برخورد طالبان با جمهوری اسلامی انتقاد کرده اند.
روزنامه جمهوری اسلامی توییت اخیر احمد مسعود، رهبر جبهه مقاومت در انتقاد از سیاست دولت ایران در قبال طالبان را «همدلانه و هوشیارانه» خواند.
همزمان با درگیری خونین مرزبانان جمهوری اسلامی و طالبان، احمد مسعود روز شنبه(۶ جوزا) با نقل این بیت از شعر مولانا بلخی، "نگفتمت مرو آنجا که آشنات منم؟"، سیاست خارجی ایران برای برقراری روابط دوستانه با طالبان را بی‌حاصل دانست.
روزنامه جمهوری اسلامی مانند دیگر روزنامه‌های داخلی، سیاست نزدیکی به طالبان، از جمله تحویل سفارت افغانستان به این گروه را اشتباه خوانده است.
این روزنامه نوشت: «باید تجدید نظر کنیم در رابطه با این گروه که زبان شان از جنس سرب است و بهترین رایحه‌ای که خوش دارند، بوی باروت. از نیمه راه زیان برگشتن، خود فایده‌ای عظیم است.»
درباره روزنامه جمهوری اسلامی باید گفت که مسیح مهاجری، مدیر مسئول آن، یکی از روحانیون محافظه ایرانی توصیف شده است.
چهار دهه پیش و در بدو تاسیس، علی خامنه‌ای، رهبر کنونی جمهوری اسلامی، صاحب امتیاز این روزنامه بود و پس از احراز رهبری نام او از نسخه چاپی آن حذف شد.
گفته می‌شود که در وزارت ارشاد ایران، هنوز هم امتیاز روزنامه جمهوری اسلامی به نام خامنه‌ای درج است.
