وزارت داخله طالبان با تکذیب گزارش یوناما مبنی بر شکنجه و بدرفتاری با زندانیان، گفته در هر شهر دادگاه‌های نظامی وجود دارد که به شکایات مردم راجع به بدرفتاری مسئولان رسیدگی می‌کند.
این وزارت مدعی است که تمام حقوق و کرامت انسانی زندانیان حفظ می‌شود.
سازمان ملل متحد روز چهارشنبه (۲۹ سنبله) با نشر گزارشی خبر داد که طالبان طی ۱۹ ماه بیش از ۱۶۰۰ مورد حقوق بشر را نقض کرده است.
یوناما گفته طالبان برای گرفتن اعترافات، زندانیان را با «شوک برقی، بندش تنفس، آوردن فشار و تهدیدات، خوردن اجباری آب، ضرب و شتم بدنی و درد و رنج شدید» شکنجه کرده‌اند.
با این‌حال وزارت داخله طالبان روز پنجشنبه (۳۰ سنبله) گزارش سازمان ملل را تکذیب کرد و نوشت که بر اساس فرمان ملا هبت‌الله، رهبر این گروه هیچ‌کس حق تعرض به کرامت انسانی و نقض حقوق زندانیان از جمله مظنونین و متهمین را ندارد.
اما یوناما در گزارش جدیدش می‌گوید که به‌رغم صدور دستورالعمل‌های رهبری طالبان برای حمایت بهتر از حقوق زندانیان و تنظیم رفتار پرسنل امنیتی، این موارد تخلفات مستند شده است.
یوناما از مقامات طالبان خواسته برای ایجاد یک چارچوب حقوقی قوی‌تر گام بردارد و به حجم بالای بازداشت‌های خودسرانه و بدون نظارت موثر قضایی رسیدگی کند.
وزارت داخله طالبان در واکنش گفته که این وزارت صلاحیت رسیدگی به چنین شکایاتی را دارد و دادگاه های نظامی در هر شهر نیز به این شکایات رسیدگی می‌کند.
وزارت داخله طالبان گفته که هیچ مسئولی نمی‌تواند بدون اجازه دادگاه فرد مظنون یا متهم را در زندان‌های کشور را مجازات کند.
طالبان در حالی از صلاحیت دادگاه می‌گوید که پس از تسلط این گروه بر افغانستان نهادهای عدلی و قضایی از چارچوب قانون خارج شده و بر اساس قرائت این گروه از شریعت کار می کند.
پیش از این یک نهاد حقوق بشری موسوم به «رواداری» در گزارشی به موارد زیادی از برخوردهای تبعیض‌آمیز، شکنجه و ارعاب شهروندان در دادگاه‌های طالبان اشاره کرد.
در گزارش «رواداری» آمده «دسترسی به عدالت در نظام عدلی و قضایی‌ای که هیچ قانون و مقرراتی برای تنظیم وظایف و تعیین حدود صلاحیت‌ها و اختیارات آن وجود ندارد، امر دشوار و چه بسا ناممکن است.»