کالج ابرلین در امریکا تایید کرد که سفیر پیشین ایران در سازمان ملل را به مرخصی نامحدود فرستاده و تدریس او را متوقف کرده است. اسنادی که در اختیار ایراناینترنشنال قرار گرفته نشان می‌دهد که جعفر محلاتی به «مجبور کردن یک دانشجو به سکس» متهم شده است.
توقف تدریس محلاتی در کالج ابرلین در حالی صورت می‌گیرد که پیش از این ایرانیان در اعتراض به نقش او در سرپوش گذاشتن بر نقض حقوق بشر و سخنان یهودی‌ستیزانه کارزاری راه انداخته بودند.
بر اساس اسناد دادگاهی که «اتحاد علیه رژیم اسلامی ایران عذرخواهان» در اختیار ایراناینترنشنال گذاشته، محمدجعفر محلاتی در زمان تدریس در دانشگاه کلمبیا در دهه نود میلادی متهم شده بود که یک دانشجو را مجبور کرده در ازای ارفاق درسی با او رابطه جنسی داشته باشد.
آندریا سیماکیس، سخنگوی کالج ابرلین به ایراناینترنشنال گفت محلاتی در هفتم قوس به صورت نامحدود در حالت مرخصی ادارای قرار گرفته است، اما به دلیل توقف تدریس او اشاره نکرد.
در همین حال، نیویورک‌پست گزارش داد که کالج ابرلین پس از اطلاع از اتهامات جنسی محمدجعفر محلاتی در دهه نود میلادی در دانشگاه کلمبیا، تدریس او را متوقف کرد.
بن بیرد، روزنامه‌نگاری که پرونده اتهام جنسی محلاتی را افشا کرده، به ایراناینترنشنال گفت محلاتی علاوه بر نقض حقوق بشر و اتهام آموزش مفاهیم یهودی‌ستیزانه، در اواخر دهه نود میلادی با اتهامات جنسی هم مواجه شده بود که دانشگاه کلمبیا با پرداخت مبلغی نامشخص به دانشجوی شاکی، این پرونده را حل‌وفصل کرد.
به گزارش نیویورک‌پست، محلاتی که در سال ۱۹۹۷ اتهامات جنسی مطرح شده علیه خود را رد کرده بود، به پیگیری این رسانه درباره این اتهامات پاسخ نداد. طبق این گزارش، دانشگاه کلمبیا نیز این اتهامات جنسی را رد کرده است.
در همین حال، شکایتی علیه کالج ابرلین مطرح شده که این مرکز دانشگاهی را متهم می‌کند با اجازه دادن به محلاتی برای اظهاراتش در حمایت از حماس و پشتیبانی او از نوشتن مطالب ضد اسرائیلی، حقوق مدنی دانشجویان یهودی را نقض کرده است.
محمدجعفر محلاتی همچنین متهم است در زمانی که سفیر جمهوری اسلامی در سازمان ملل بوده بر اعدام جمعی حدود پنج‌هزار زندانی سیاسی در تابستان ۶۷ سرپوش گذاشته است.
در سال ۱۴۰۱، جمعی از بستگان قربانیان قتل عام سال ۶۷ در زندان‌های جمهوری اسلامی، همراه جمعی از اعضای جامعه ایرانی-امریکایی با تاکید بر نقش محمدجعفر محلاتی در لاپوشانی این قتل عام، خواهان اخراج فوری او از کالج او برلین شدند.
در سال ۱۳۶۷، عفو بین‌الملل ۱۶ اخطار فوری برای ایران صادر کرد و خواستار پایان دادن به قتل‌های غیرقانونی زندانیان سیاسی شد.
در این مدت، رسانه‌های امریکایی از کشتارها خبر دادند، تظاهراتی در مقابل سازمان ملل سازماندهی شد و حتی یک تبعه ایرانی در اعتراض به این کشتارهای دسته‌جمعی، خودش را در برابر دفتر سازمان ملل به آتش کشید.
با این حال، به‌رغم پوشش رسانه‌ای این وقایع، محلاتی اطلاع از این اعدام‌ها را رد می‌کند.