در حالی که نحوه کشته‌شدن اسماعیل‌هنیه در تهران همچنان در هاله‌ای از ابهام قرار دارد و هنوز هیچ‌کس مسئولیت رسمی این رخداد را بر عهده نگرفته است، روزنامه نیویارک‌تایمز در گزارشی با استناد به گفته‌های هفت مقام مطلع، نوشته است که هنیه در پی انفجار بمبی در محل اقامتش کشته شده است.
نیویارک‌تایمز می‌نویسد که یک دستگاه انفجاری ماه‌ها پیش از سفر این رهبر ارشد حماس به تهران قاچاق شده بود و از حدود دو ماه پیش نیز در محل اقامت اسماعیل هنیه، کارگذاشته شده بود.
پنج تن از منابع مطلع که نام شان اعلام نشده، در گفت‌وگو با نیویورک‌تایمز با تایید اینکه این میهمان‌خانه امنیتی که تحت نظارت و حفاظت سپاه پاسداران در منطقه مرفه‌نشین شمال تهران (سعدآباد) قرار دارد، بخشی از مجموعه نشاط به شمار می‌رود.
ابن بمب در حالی که هنیه بعد از حضور در مراسم تحلیف مسعود پزشکیان به محل اقامت خود بازگشته بود از راه دور منفجر شد و علاوه بر هنیه یک محافظ او را نیز کشت.
این انفجار که ساختمان را لرزاند و تعدادی از پنجره‌ها را شکست، باعث فروپاشی بخشی از دیوار خارجی ساختمان محل اقامت هنیه شد.
به گفته دو مقام جمهوری اسلامی که عضو سپاه پاسداران و در جریان حادثه بودند، خرابی ایجاد شده در ساختمان کاملا مشهود است. این تخریب در عکسی از این ساختمان که نسخه‌ای از آن در اختیار روزنامه نیویارک تایمز قرار گرفته، کاملا مشخص است.
این انفجار درحالی اتفاق افتاد که تهران به دلیل میزبانی مراسم تحلیف مسعود پزشکیان و حضور مقامات ارشد دولتی، فرماندهان نظامی و شخصیت‌های برجسته از ۸۶ کشور برای این مراسم تحت تدابیر امنیتی شدید بود.
به گفته سه مقام جمهوری اسلامی، انجام چنین عملیاتی در تهران، یک شکست فاجعه‌آمیز از نظر اطلاعاتی و امنیتی برای تهران و رخدادی شرم‌آور برای سپاه پاسداران است که از این مجموعه برای میزبانی از مقام‌های برجسته و نیازمند به محافظت شدید بهره می‌برد.چگونگی انتقال و تعبیه این دستگاه انفجاری در اتاق هنیه هنوز نامشخص است.
مقام‌های مطلع مورد مصاحبه در این گزارش نیویارک‌تایمز بر این باورند که انجام این عملیات نیازمند ماه‌ها برنامه‌ریزی، سرمایه‌گذاری و دسترسی به اطلاعات دقیق و طراز اول از نحوه نظارت گسترده بر این مجموعه بوده است.
دو مقام جمهوری اسلامی که جزئیات ترور را توصیف کردند، از چگونگی و زمان انتقال و تعببه مواد منفجره در اتاق هنیه بی‌اطلاع بودند.
بر اساس گزارش نیویورک‌تایمز این انفجار حدود ساعت ۲ بامداد به وقت محلی، رخ داد. پرسنل پزشکی مستقر در مجموعه بلافاصله پس از وقوع انفجار به اتاق او رفتند و پس از معاینه هنیه، مرگ فوری او را تایید کردند. تلاش‌ها برای احیای محافظ هنیه نیز بی‌نتیجه ماند و او هم کشته شد.
این روزنامه امریکایی بر اساس گفته‌های دو مقام جمهوری اسلامی مورد مصاحبه نوشته که زیاد نخاله، رهبر جهاد اسلامی فلسطین، که در اتاق مجاور اقامت داشته است آسیبی ندیده و این حاکی از آن است که برنامه‌ریزی دقیقی برای هدف قرار دادن هنیه درجریان بوده است.
پنج مقام خاورمیانهای نیز به نیویارک‌تایمز گفتهاند که خلیل الحیه، معاون فرمانده حماس در نوار غزه که در سفر تهران همراه هنیه بوده، به صحنه حادثه رسید و جسد هنیه را دید.
نیویارک تایمز با استناد به گفته‌های سه مقام جمهوری اسلامی نوشت که مقام‌های ارشد ایرانی از جمله اسماعیل قاآنی، فرمانده نیروی قدس، به سرعت از این حادثه مطلع شدند و نهایتا آیتالله علی خامنهای، در جریان اتفاق قرار گرفت.
چهار ساعت پس از وقوع انفجار، سپاه پاسداران بیانیهای صادر کرد و تایید کرد که هنیه کشته شده است. سه مقام ایرانی گفتهاند که آیتالله خامنهای ساعت ۷ صبح اعضای شورای عالی امنیت ملی ایران را به مقر خود احضار کرد و دستور حملات تلافیجویانه علیه اسرائیل را صادر کرد.
با اینکه اسرائيل به طور علنی مسئولیت این اقدام را بر عهده نگرفته است اما مقام‌های جمهوری اسلامی و حماس روز چهارشنبه اعلام کردند که اسرائیل مسئول ترور است. به نوشته نیویارک‌تایمز ارزیابی چند مقام امریکایی که نخواستند نامشان فاش شود، نیز همین است.
نیویارک تایمز با استناد به گفته‌های پنج مقام خاورمیانهای نوشته که مقام‌های اطلاعاتی اسرائیل بلافاصله پس از وقوع عملیات جزئیات آن را به ایالات متحده و دیگر دولتهای غربی اطلاع دادند. این درحالی است که روز چهارشنبه، آنتونی بلینکن، وزیر امور خارجه ایالات متحده، گفت که ایالات متحده هیچ پیشاطلاعاتی درباره این عملیات دریافت نکرده است.