سازمان حقوق بشری رواداری در یک گزارش تحقیقی نوشت که طالبان زندانیان را به صورت جسمی، جنسی و روانی شکنجه کرده‌اند. طبق یافته‌های این گزارش، طالبان برخلاف موازین حقوق بشری، از مراحل ابتدایی بازداشت تا زمان رهایی افراد، مرتکب اشکال مختلف شکنجه و بدرفتاری شده‌اند.
سازمان حقوق بشری رواداری نوشت که برای تهیه این گزارش تحقیقی با ۳۴ نفر به شمول ۷ زن که پس از بازگشت طالبان به قدرت تا آغاز سال ۲۰۲۵ بازداشت و زندانی شده‌اند، مصاحبه کرده است.
یافته‌های این گزارش نشان می‌دهد که طالبان ۳۳ نفر از این افراد را بدون صدور حکم قانونی، اعلام اتهام، رعایت الزامات قانونی و موازین محاکمه عادلانه بازداشت و شکنجه کرده است.
این سازمان حقوق بشری نوشت: «اظهارات مصاحبه شوندگان نشان می‌دهد که انواع شکنجه به عنوان ابزاری برای سرکوب اعتراضات مدنی و وسیله‌ای برای انتقام جویی از کارمندان حکومت پیشین و به ویژه مخالفان و منتقدان طالبان، به کار گرفته شده است.»
گزارش می‌افزاید که بدرفتاری طالبان با زندانیان شامل انواع شکنجه جسمی، روانی، آزار و اذیت جنسی، نگهداری طولانی مدت افراد در سلول‌های انفرادی و زندان‌های شخصی، محرومیت عمدی از خدمات بهداشتی و درمانی، ممانعت از دسترسی به وکیل مدافع، محرومیت از غذای کافی و ایجاد دیگر شرایط تحقیرآمیز و غیر انسانی بوده است.
بر بنیاد یافته‌های این تحقیق، طالبان بدون هرگونه پاسخ گویی و بی‌توجه به اصول و موازین بین المللی، افراد را به صورت خودسرانه بازداشت و سپس برای کسب اعتراف اجباری از شیوه‌های مختلف شکنجه و تحقیر استفاده کرده است.
گزارش تصریح کرده که در مواردی، ماموران طالبان، به ویژه اداره استخبارات این گروه زندانیان را برای تفریح و سرگرمی نیز شکنجه کرده و شماری از آنها را پس از رهایی نیز مورد آزار و اذیت قرار داده‌اند.
رواداری نوشت که مصاحبه شوندگان از ۱۶ ولایت افغانستان گزینش شدند که از ۲ ساعت تا ۳ سال در بازداشت طالبان به سر برده‌اند. از این میان ۱۵ نفر گفته‌اند که طالبان بدون رعایت کرامت انسانی خریطه‌های سیاه را به سر آنها کشیده و در صندوق عقب موترهای شخصی به بازداشتگاه منتقل کرده است.
از سوی هم ۲۷ نفر این بازداشت شدگان گفته‌اند که در مراحل قضایی به وکیل مدافع دسترسی نداشتند. همزمان پرونده ۲۴ نفر دیگر که عمدتا توسط استخبارات طالبان بازداشت شده‌اند، به مراجع قضایی ارسال نشده است.
با این حال، سازمان رواداری تصریح کرد که در حال حاضر نهادهای مستقل برای نظارت از محلات سلب آزادی در افغانستان تحت کنترول طالبان وجود ندارد. این سازمان از جامعه جهانی خواست با اعمال فشار بر طالبان، این گروه را ملزم به رعایت مفاد اسناد بین المللی حقوق بشر، به ویژه کنوانسیون منع شکنجه افراد سازد.