بر مبنای گزارش لانگ وار ژورنال، طالبان با شاخه خراسان داعش مبارزه می‌کند، اما گروه‌های شورشی مانند القاعده، حزب اسلامی ترکستان و تحریک طالبان پاکستانی با حمایت قاطع طالبان در افغانستان فعالیت دارند. این گزارش افزوده که القاعده دستکم در ۱۲ ولایت افغانستان اردوگاه‌های آموزشی دارد.
بیل راجیو، پژوهشگر ارشد در بنیاد دفاع از دموکراسی مستقر در امریکا و سردبیر مجله لانگ وار ژورنال در این مطلب به گزارش‌های متعدد تیم نظارت و پشتیبانی تحلیلی سازمان‌ملل در دو سال گذشته اشاره کرده است که از حضور گروه‌های القاعده، تحریک طالبان پاکستانی، جماعت انصارالله و حزب اسلامی ترکستان در افغانستان خبر داده‌اند.
در گزارش اخیر سازمان‌ملل افشا شد که القاعده دستکم در ۱۲ ولایت افغانستان اردوگاه‌های آموزشی دارد و متحدان جهادی این گروه نیز در دو شهر دیگر اردوگاه‌هایی ایجاد کرده‌اند.
تیم نظارت سازمان‌ملل تصریح کرد که «رابطه بین طالبان و القاعده همچنان نزدیک باقی مانده است.»
بر مبنای گزارش‌ها، سیف‌العدل، رهبر القاعده و معاونش عبدالرحمان المغربی نیز پس از استیلای طالبان از ایران به افغانستان سفر کرده‌اند. سال گذشته سیف‌العدل از حامیان القاعده در سراسر جهان خواست تا برای دریافت آموزش جهت جهاد به افغانستان مهاجرت کنند.
رهبران بلندپایه دیگر القاعده نیز در افغانستان مستقر هستند. عبدالحق ترکستانی، رهبر حزب اسلامی ترکستان و عضو شورای رهبری القاعده، در افغانستان فعالیت دارد.
اسامه محمود، رهبر القاعده در شبه‌قاره هند نیز در این کشور حضور دارد. همچنین ابو اخلاص المصری، فرمانده نظامی ارشد که تا پیش از باز شدن زندان بگرام توسط طالبان در آنجا زندانی بود، واحدهای نظامی‌اش را در شمال‌شرق افغانستان بازسازی کرده است.
راجیو همچنین با استناد به گزارش‌های مستند، گفته که القاعده در پنج ولایت افغانستان خانه‌های امنی دارد که برای جابه‌جایی اعضایش میان ایران و افغانستان استفاده می‌شوند.
پیشتر بیل هایزنگا، نماینده کانگرس امریکا اظهار داشت که «افغانستان باردیگر به محل امنی برای تروریست‌هایی تبدیل شده که به دنبال رشد نیروهای شان و توانایی برای انجام حملات در سطح منطقه و جهان هستند.»
ذبیح‌الله مجاهد، سخنگوی طالبان، اما این ادعا را رد کرد و گفت هیچ گروه تروریستی خارجی در افغانستان مستقر نیست. این در حالی‌ست که طالبان به‌طور منظم گزارش‌هایی درباره کشتن یا بازداشت جنگجویان داعش را منتشر می‌کند و مدعی حذف این گروه از افغانستان شده است.
