او در یادداشتی در حساب کاربری خود در فیسبوک نوشت که در طول چهار سال کار با اداره طالبان زحمات زیادی را متقبل شده است. او مدعی شد که برای سروی و امکانسنجی آبرسانی به دوردستترین روستاها سفر کرده و خطراتی را متحمل شده است.
فاروق اعظم حدود یکونیم ماه پیش بهدلیل حمایت از آموزش دختران به دستور هبتالله آخندزاده، رهبر طالبان بازداشت و پس از ۱۵ روز حبس آزاد شد. او سپس آن در برنامههای رسمی وزارت انرژی و آب طالبان دیده شد.
او به دلیل انتقاد از سیاستهای هبتالله آخندزاده درباره ممنوعیت آموزش زنان بازداشت شده بود.
طالبان فاروق اعظم را پس از بازداشت به نظارتخانه کابل و سپس به دادگاه نظامی خود منتقل کرد.
منابع مطلع پیشتر گفتند که برخی از وزیران طالبان به فاروق اعظم پیام دادهاند که بازداشت او به دستور هبتالله انجام شده و نمیتوانند در راستای آزادیاش کمک کنند.
منابع مطلع گفتند که اداره طالبان برای رهایی فاروق اعظم شرایطی تعیین کرد. طالبان از فاروق اعظم خواسته بود به دلیل اظهاراتش درباره ممنوعیت آموزش دختران ابراز پشیمانی کرده و از هبتالله آخندزاده عذرخواهی کند.
این مقام طالبان در ۲۴ سنبله در نامهای از بازداشتگاه برای پسرش نوشت که به اتهام حمایت از تدریس علوم عصری برای زنان و تضعیف قانون امر به معروف بازداشت شده است. در این نامه آمده است که او برای «برخورد سختگیرانه» آماده است.