حکومت طالبان در مکتوبی کمیسیون‌های حقوق بشر، نظارت بر قانون اساسی، شورای مصالحه ملی، شورای امنیت ملی و دارالانشاهای مجلس نمایندگان و سنا را منحل کرد. بر اساس این مکتوب که نسخه‌ای از آن به‌دست افغانستان اینترنشنال رسیده، این تصمیم "با هدایت شفایی" ملا هبت‌الله گرفته شده است.
این مکتوب در تاریخ ۱۴ ثور ۱۳۴۱ از سوی کمیسیون تنظیم تشکیلات و معاشات معاونت اداری رئیس‌الوزاری طالبان منتشر شده است.
در این سند که به امضای ملا حسن آخند، مولوی عبدالسلام حنفی معاون او و شماری از وزیران طالبان رسیده، در مورد دلیل انحلال این نهادها توضیحی داده نشده است.
طالبان پس از تصرف کابل تشکیلات موقت خود را اعلام کردند که در راس آن ملا حسن آخند، به حیث رئیس‌الوزرا، ملا برادر و عبدالسلام حنفی به عنوان معاونان قرار گرفتند و شماری از چهره‌های مطرح از بدنه اصلی طالبان و شبکه حقانی رهبری وزارتخانه‌ها را به عهده گرفتند.
این گروه در حدود نه ماه گذشته، در موارد مهم جلساتی را در قندهار، خاستگاه اصلی طالبان برگزار کرده است.
طالبان هر از چندی فرمان‌هایی به نقل از ملا هبت‌الله آخندزاده، رهبر این گروه منتشر می‌کند که هیچ نشانه‌ای از زنده بودن او وجود ندارد.
فرمان‌های جنجالی مانند محدودیت آموزش دختران، ممنوعیت تولید مواد مخدر و پوشش اجباری زنان از جمله فرمان‌هایی است که گروه طالبان به نقل از رهبر خود نشر کرده است.
به نظر می‌رسد گروه طالبان می‌خواهد جای خالی نهادهای قانون‌گذاری مانند مجلس نمایندگان و سنا را با فرمان‌های منسوب به رهبر خود پر کند.
کمیسیون مستقل حقوق بشر که اکنون در کنار چند نهاد دیگر با فرمان شفایی منسوب به ملا هبت‌الله لغو شده، در سال ۲۰۰۳ و پس از روی کار آمدن نظام مورد حمایت جامعه جهانی در افغانستان تاسیس شد.
اعضای طالبان در مدتی که این گروه به قدرت رسیده، با برپایی محاکم صحرایی دست به شکنجه نظامیان و افراد ملکی زده و طبق گزارش نهادهای بین‌المللی حقوق بشر و تایید برخی مقام‌های طالبان، شمار زیاد از سربازان، افسران پولیس و مامورین امنیتی حکومت پیشین توسط جنگجویان این گروه کشته شده‌اند.
