رسانه‌های ایرانی گزارش دادند که نماز جنازه اسماعیل هنیه، رئیس دفتر حماس، با امامت علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی در دانشگاه تهران برگزار شد. ایرنا گزارش داد که خامنه‌ای پس از اقامه نماز میت با نمایندگان حماس گفت‌وگو کرد و فرزندان هنیه را در آغوش کشید.
خبرگزاری جمهوری اسلامی افزود که خامنه‌ای به اسرائیل هشدار داده که با ترور اسماعیل هنیه «زمینه مجازات سختی را برای خود فراهم» کرده است.
رهبر جمهوری اسلامی گفته است: «خونخواهی او را، که در حریم جمهوری اسلامی ایران به شهادت رسید، وظیفه خود می‌دانیم.»
مقام‌های جمهوری اسلامی و حماس اسرائیل را عامل ترور اسماعیل هنیه می‌دانند، ولی مقام‌های اسرائیلی گفته‌اند که از اظهارنظر در این مورد خودداری می‌کنند.
در همین حال گزارش شده است که نماز جنازه هنیه در دانشگاه تهران تحت تدابیر شدید امنیتی برگزار شده است.
پیشتر گزارش شده بود که جمهوری اسلامی برای تامین امنیت مراسم تشییع جنازه او، در اطراف دانشگاه تهران «منطقه پرواز ممنوع» اعلام کرده است.
