وزارت خارجه طالبان سه روز پس از حمله ارتش آزادی‌بخش بلوچ به یک قطار مسافربری در بلوچستان پاکستان اعلام کرد که طالبان هیچ ارتباطی با این گروه جدایی‌طلب ندارد. این وزارت ادعای سخنگوی ارتش پاکستان مبنی بر ارتباط طالبان با عاملان این رویداد را «بی‌اساس» خواند و رد کرد.
وزارت خارجه پاکستان پنجشنبه، ۲۳ حوت در سومین روز حمله به قطار جعفر اکسپرس در بلوچستان پاکستان و گروگان‌گیری مسافران نوشت: «ما ادعا بی‌اساس سخنگوی ارتش پاکستان مبنی بر ارتباط حمله به قطار مسافربری در بلوچستان را قاطعانه رد می‌کنیم». طالبان از پاکستان خواست که به جای اظهارات «غیرمسئولانه» بر حل مشکلات امنیتی و داخلی خود تمرکز کند.
وزارت خارجه طالبان در این بیانیه تاکید کرد که هیچ یک از اعضای شبه‌نظامیان جدایی‌طلب بلوچ در افغانستان حضور ندارند و «هیچ ارتباطی» میان این گروه و جدایی‌طلبان بلوچ وجود ندارد.
طالبان همچنان از جان باختن افراد بی‌گناه دراین رویداد ابراز تاسف کرد و نوشت «قربانی کردن غیرنظامیان برای اهداف سیاسی غیرقابل توجیه است».
احمد شریف چودری، سخنگوی ارتش پاکستان روز چهارشنبه در یک نشست خبری ادعا کرد که گروگان‌گیری مسافران قطار توسط جدایی‌طلبان بلوچ در افغانستان برنامه‌ریزی و هدایت شده است. او گفت: «تروریست‌ها در طول عملیات پاکسازی از طریق تلفن ماهواره‌ای با تسهیل‌کنندگان و طراح خود که در افغانستان مستقر اند، در تماس بودند».
روز سه‌شنبه، ده‌ها شبهنظامی جدایی‌طلب بلوچ با منفجر کردن خط راه‌آهن، قطار جعفر اکسپرس را که حامل بیش از ۴۰۰ مسافر بود، متوقف و ده‌ها سرنشین آن را گروگان گرفتند. این حادثه در منطقه‌ای کوهستانی و دورافتاده، نزدیک مرز افغانستان و ایران رخ داد.
ارتش پاکستان چهارشنبه اعلام کرد که : «تک‌تیراندازان نیروهای امنیتی توانستند بمبگذاران انتحاری را از بین ببرند.» به گفته ارتش در نتیجه عملیات ویژه ویژه نیروهای امنیتی ۳۳ شبهنظامی بلوچ کشته شدند و هیچ آسیبی به گروگان‌ها وارد نشد.
ارتش پاکستان همچنان تصریح کرد که پیش از آغاز عملیات پاکسازی، ۲۱ مسافر گروگان گرفته شده، به دست شبه‌نظامیان بلوچ کشته شده بودند.
پیشتر منابع افغانستان اینترنشنال براساس اطلاعات نهادهای امنیتی پاکستان گزارش دادند که مکالمات رهگیری‌شده میان مهاجمان و هدایت‌کنندگان آن‌ها نشان‌دهنده وجود یک حلقه ارتباطی از افغانستان، هند و اروپا است.
حمله به خط آهن و گروگان‌گیری مسافران قطار در بلوچستان پاکستان واکنش‌های زیادی را در سطح جهان برانگیخته است. بسیاری از کشورها گروگان‌گیری مسافران و حمله به غیرنظامیان توسط شبه‌نظامیان جدایی‌طلب بلوچ را محکوم کردند.
ارتش آزادی‌بخش بلوچستان بزرگ‌ترین گروه در میان چندین گروه مسلح قومی است که علیه حکومت پاکستان در ایالت بلوچستان، منطقه‌ای غنی از منابع معدنی و هم‌مرز با افغانستان و ایران، می‌جنگد.
