براساس پیش‌بینی کارشناسان دریای آرال که پیش‌تر نیز به‌دلیل سوء‌مدیریت منابع آبی تقریبا خشک شده بود، با ساخت کانال قوش تپه با خطر نابودی کامل روبرو شده است. بولات یسکین، بنیان‌گذار پلتفرم مدیریت منابع آب آسیای مرکزی می‌گوید: «کانال قوش‌تپه آخرین میخ بر تابوت دریای آرال خواهد بود.»
طالبان با سرعت بالایی در حال ساخت یک کانال آبی به طول ۲۸۵ کیلومتر است که با هدف آبیاری بیش از نیم‌میلیون هکتار زمین در مناطق خشک شمال افغانستان طراحی شده است. برای تأمین آب این پروژه، بین ۲۰ تا ۳۰ درصد از جریان رودخانه آمودریا منحرف خواهد شد.
رودخانه حیاتی آمو از افغانستان، تاجیکستان، اوزبیکستان و ترکمنستان عبور می‌کند.
این پروژه نگرانی‌های زیادی را در بین کشورهای پایین‌دست رودخانه از جمله اوزبیکستان و ترکمنستان ایجاد کرده است.
بولات یسکین، بنیان‌گذار پلتفرم مدیریت منابع آب آسیای مرکزی در این رابطه به یورو نیوز گفت: «کانال قوش‌تپه آخرین میخ بر تابوت دریای آرال خواهد بود.»
پیش‌بینی می‌شود اوزبیکستان تا ۱۵ درصد و ترکمنستان تا ۸۰ درصد از منابع آبی خود را از دست بدهند. از دست رفتن منابع آبی این کشورها می‌تواند تبعاتی چون افزایش بیکاری، مهاجرت، فقر و حتی تنش‌های مرزی را به دنبال داشته باشد.
در این باره ابوالفضل ظهره‌وند، عضو کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس ایران نیز گفته است که این کانال «روی آبی که از تاجیکستان به سمت ترکمنستان و دریای خزر روانه می‌شد احداث شده تا در زمین‌های لم‌یزرع این منطقه تغییرات ایجاد کنند و پشتون‌ها را از جنوب و پاکستان به شمال افغانستان منتقل کنند». به گفته او، این تغییرات، «روی دبی آب جیحون که وارد اوزبیکستان و ترکمنستان می‌شد و در کل ظرفیت آبی ترکمنستان تاثیر گذاشته است اما تاکنون کسی نسبت به این موضوع واکنشی نشان نداده است.»
از سوی دیگر، کشورهایی چون قزاقستان و قرغیزستان که آمودریا از خاکشان نمی‌گذرد، نگران پیامدهای غیرمستقیم این پروژه‌اند. کارشناسان قزاق هشدار داده‌اند که در صورت استفاده بیشتر اوزبیکستان از رود سیردریا برای جبران کمبود آب، سهم قزاقستان از این رودخانه ممکن است تا ۴۰ درصد کاهش یابد.
از سویی دیگر افغانستان تحت کنترول طالبان به دلیل رسمیت نداشتن در عرصه بین‌المللی عضو هیچ‌کدام از توافقات بین‌المللی مدیریت منابع آبی مشترک نیست.
با این حال، برخی کشورهای منطقه نظیر اوزبیکستان، قزاقستان و قرغیزستان در حال توسعه تعاملات خود با گروه طالبان هستند.
طالبان نیز با تأکید بر حق خود در استفاده از منابع آبی، اعلام آمادگی کرده است تا درباره موضوع تقسیم آب با کشورهای همسایه وارد گفت‌وگو شود. محمد نعیم وردک، معاون وزیر امور خارجه طالبان در این رابطه گفته است: «کانال قوش‌تپه به ضرر هیچ‌کس نخواهد بود و ما آماده‌ایم هرگونه نگرانی را حل کنیم.»
کارشناسان می‌گویند همکاری منطقه‌ای، استفاده از فناوری‌های نوین صرفه‌جویی در مصرف آب و تعامل فعال کشورهای آسیای مرکزی با افغانستان می‌تواند راه‌حلی برای کاهش پیامدهای این بحران احتمالی باشد.