یکی از ماندگارترین میراث‌های ملا عمر، بنیانگذار و رهبر پیشین طالبان، تخریب بخش بزرگی از میراث‌های فرهنگی افغانستان است. به فرمان او، دو پیکره بزرگ بودا در بامیان و گنجینه عظیم موزیم ملی در کابل نابود شدند.
بیست‌ویک سال پس از تخریب آنها، هنوز این سوال مطرح است که او چرا این حجم عظیمی از میراث فرهنگی افغانستان را ویران کرد.
یک شاهد عینی در بامیان گفته که بامداد روز یازدهم مارچ ۲۰۰۱ وقتی از خانه به سوی بازار بامیان می‌رفت، طالبان او و ۴۴ کارگر دیگر را بردند تا مواد منفجره را بر فراز پیکره صلصال منتقل کنند. عصر آن روز وقتی این مرد، که در آن زمان در اواخر دهه ۲۰ عمرش بود، بر سر کارش در بازار بازگشت، صلصال منفجر شد.
طالبان برای تخریب صلصال ۵۳ متری و شهمامۀ ۳۸ متری از روز نهم مارچ تا یازدهم مارچ مشغول جابجایی مواد منفجره در زیر پاها و پشت سر این دو پیکره‌های کم‌نظیر بودند. گفته شده که آنها مواد منفجره بسیار نیرومند را جابجا و عصر روز یازدهم مارچ منفجر کردند. صحنه انفجار هر دو پیکره با دوربین‌های فیلمبرداری ضبط شده است.
یک عضو ارشد شبکه القاعده صحنه انفجار را نظارت می‌کرد. او عبدالهادی العراقی بود که اکنون در زندان گوانتامو به سر می‌برد. یکی از دهها اتهام مطرح شده علیه عراقی، نظارت از تخریب پیکره‌های بودا در بامیان است. پرونده او در مرحله مقدماتی طرح در جلسه دادگاه قرار دارد. جلسه استماعیه قبل از برگزاری دادگاه او در ماه جون امسال برگزار خواهد شد.
مشارکت اعضای شبکه القاعده در تخریب صلصال و شهمامه، شاید برای تقسیم مسئولیت تاریخی این اقدام بوده، ولی به گواهی منابع فراوان مسئولیت نهایی برعهده ملا عمر است که فتوای تخریب این پیکره‌ها را صادر و بر اجرای آن اصرار کرد. با این حال، به جز عبدالهادی عراقی، هیچ یک از عاملان تخریب پیکره‌های بودا و دیگر آثار تاریخی افغانستان تحت پیگرد قضایی قرار نگرفته‌اند.
تخریب پیکره‌های بودا بخشی از رشته اقدامات هدفمند برای نابودی آثار تاریخی افغانستان بود. عبدالحی مطمئن، از سخنگویان ملا عمر در کتاب "ملا محمدعمر، طالبان و افغانستان" و وحید مژده از مقام‌های وقت وزارت خارجه طالبان در کتاب "افغانستان و پنج سال سلطه طالبان" نوشته‌اند که طالبان از سالها پیش چنین قصدی داشتند.
به نوشته مطمئن و مژده، ملا عبدالواحد فرمانده طالبان در غوربند در سال ۱۳۷۶اعلام کرد که با ورود به بامیان، پیکره‌های بودا را ویران خواهد کرد. مطمئن نوشته که در زمستان ۱۳۷۹ این موضوع در دادگاه عالی طالبان مطرح شد، ولی این دادگاه تصمیم‌گیری در این مورد را به خود ملا عمر موکول کرد.
رهبر وقت طالبان با باور بر این که اگر او این پیکره‌ها را تخریب نکند، در روز قیامت بازخواست خواهد شد، فرمان داد که این پیکره‌ها تخریب شوند. به نوشته مطمئن، اگرچه ملا عمر می‌دانست که کسی این پیکره‌ها را پرستش نمی‌کند و از این بابت خطری متوجه اسلام نیست، ولی انس با آن زیر عنوان آثار تاریخی و یادگاری را ممنوع تلقی می‌کرد.
رهبر طالبان ظاهرا با همین استدلال در زمستان ۱۳۷۹دستور داد که بخش عمده‌ای از آثار تاریخی موزیم ملی هم نابود شود. عمرا خان مسعودی، رئیس پیشین این موزیم و همچنین یک کارمند پیشین این موزیم گفته‌اند که طالبان ۲۷۵۰ اثر تاریخی را در این موزیم تخریب کردند. آقای مسعودی می‌گوید طالبان آثار «تجسمی» را به عنوان «بت» نابود کردند.
آثار تجسمی شامل آثار گوناگونی می‌شد – هرچیزی که در آن صورت یا پیکر موجود زنده تجسم یا نقش شده باشد. این آثار شامل انواع پیکره‌های انسان و حیوان، ظروف، ابزارهای کار، شکار و رزم، تابلوهای نقاشی و اشیای زینتی می‌شد (طالبان بخشی از آثار نگارستان ملی را هم نابود کردند). با این حال، به گفته یک کارمند پیشین موزیم ملی، طالبان آثار غیرتجسمی هم تخریب کردند.
به نوشته مژده، در روز تخریب آثار موزیم ملی، عبدالباقی حقانی، معاون وقت وزارت فرهنگ طالبان با گروهی از مقام‌های وزارت امر به معروف و نهی از منکر این گروه، "هر یک با وسیله‌ای الله‌اکبرگویان به جان مجسمه‌ها افتادند". ابتدا تندیس کنیشکا و سپس تندیس‌های دیگر را شکستند. به نوشتۀ مژده، پس از آن، شماری از آثار گنجینۀ موزیم ملی در پیشاور به فروش رفت.
آثار تخریب شده در دوره‌های گوناگونی صدها تا هزارها سال پیش پدید آمده بودند. بخشی از عمده‌ای از آنها پیش از اسلام و بخش قابل توجهی از آنها در دوران اسلامی پدید آمده بودند. این آثار شامل مجسمه‌های سربازان دوران غزنویان هم می‌شد – سربازانی که برای تقدیر از شجاعت‌شان، مجسمه‌های آنها ساخته شده بودند.
این آثار صدها سال در درون جامعه اسلامی و زیر سایه حکومت‌های اسلامی سالم ماندند. مهم‌ترین، آشکارترین و بزرگترین آنها پیکره‌های بودا در بامیان بودند که چهارده قرن در برابر دیدگان مسلمانان برپای ایستاده بودند، ولی طالبان دیدگاه همه کسانی را که تخریب آنها را به مصلحت ندیده بودند، نادیده گرفتند.
رهبر این گروه حتی تقاضا علمای سرشناس اسلامی مانند یوسف قرضاوی را هم نادیده گرفت. قرضاوی در روز تخریب پیکره‌های بودا در چهارچوب هیئتی متشکل از علمای اسلامی برای منصرف کردن ملا عمر به قندهار سفر کرده بود. عبدالقادر عماری رئیس دادگاه استیناف قطر و فرید واصل مفتی اعظم مصر هم در ترکیب این هیئت حضور داشتند.
سه کشور اسلامی که امارت اسلامی طالبان را به رسمیت شناخته بودند هم هیئت‌هایی بلندپایه به قندهار فرستادند تا ملا عمر را از تخریب پیکره‌های بودا منصرف کنند. یونسکو تلاش فراوانی کرد و تخریب این آثار را "وحشیانه" خواند. اعتراضات گسترده بین‌المللی تأثیری بر تغییر تصمیم رهبر طالبان نداشت.
حتی شماری از اعضای گروه طالبان هم مخالف تخریب آثار تاریخی بامیان و موزیم ملی بودند؛ با این استدلال که چرا سلطان محمود که در هند بت‌ها را شکست، در بامیان این کار را نکرد. ملا عمر آنها را هم از سر راه برداشت و منزوی کرد. مژده مخالفان و طرفداران تخریب آثار تاریخی را در کتابش نام برده است. برخی از آنها در حال حاضر از اعضای کابینه فعلی طالبان هستند.
چنانکه توضیح داده شد، استدلال رسمی ملا عمر و افراد او برای تخریب آثار تاریخی در موزیم کابل و بامیان، تشخیص آنها به عنوان آثار غیراسلامی و کفرآمیز بوده است. ولی برخی در پشت این استدلال، دلایل دیگری را برجسته می‌دانند. از جمله، علی کریمی، پژوهشگر تاریخ معاصر افغانستان باور دارد که این امر باید در زمینه ناسیونالیسم قومی در افغانستان بررسی شود.
آقای کریمی می‌گوید: "تخریب مجسمه‌های بودا در بامیان به عنوان تخریب تاریخ توسط یک گروه تندرو مذهبی به دلایل مذهبی تفسیر شده است. ولی این حادثه را ما می‌توانیم به عنوان تحریف تاریخ هم درک کنیم – تحریف تاریخ به دلایل ناسیونالیسم قومی. در قرن بیستم در افغانستان ناسیونالیسم قومی دیدگاه خاصی را درباره گذشته افغانستان پروراند."
به باور او، "بخشی از این دیدگاه خاص ساختن تاریخ‌های کاذب درباره گذشته این سرزمین بود. بخشی دیگر از بین بردن آثار مادی که روایت رسمی ناسیونالیستی را به چالش می‌کشید. پیکره‌های بودا در بامیان بخشی از این آثار مادی بودند که روایت رسمی ناسیونالیستی را در افغانستان به چالش می‌کشیدند. این یکی از دلایل اصلی بود که طالبان آن را تخریب کردند."
عمراخان مسعودی، که پیشینه طولانی در زمینه حفظ آثار تاریخی افغانستان دارد، تأکید می‌کند طالبان نباید "خطاهای" گذشته خود را تکرار کنند. به باور او، تخریب آثار تاریخی نه به سود افغانستان و نه به سود خود طالبان است. توصیه آقای مسعودی این است که طالبان باید راستای حفظ آثار باستانی و تاریخی بکوشند.
حالا مشخص نیست که طالبان به چنین توصیه‌های گوش فرادهند، ولی تا اکنون، کارنامه سیاهی برجای گذاشته و مسئولیت تخریب بخش عظیمی از گنجینه تاریخی افغانستان را برعهده گرفته‌اند. تخریب این آثار، به عنوان بخشی از کارنامه ملا عمر و مجریان فرمان او، در این زمینه، در معرض داوری مردم و تاریخ قرار گرفته است.