منابع محلی در ولایت بامیان می‌گویند که طالبان تدریس فقه جعفری را در دانشگاه این ولایت متوقف کرده‌اند. به گفته این منابع، به دستور طالبان در این ولایت عمدتاً شیعه‌نشین، آموزش فقه حنفی جاگزین فقه جعفری شده است. گروه طالبان تاکنون درباره این خبر اظهار نظری نکرده‌اند.
دیپارتمنت فقه جعفری همزمان با ایجاد دانشکده شرعیات دانشگاه بامیان در سال ۱۳۹۶ آغاز به فعالیت کرد.
پس از قدرت گرفتن طالبان، شعیان افغانستان به حاشیه رانده شده‌اند و در تصمیم‌گیری سیاسی نیز دخیل نیستند.
به تازگی طالبان به دفتر دو مرجع تقلید شیعیان افغانستان در ولایت غنی حمله کردند و دفتر آنان را بستند.
پیشتر از آن، افراد استخبارات طالبان به یک نشست شورای علمای شیعه در کابل حمله کردند و نشست آنان را برهم زدند.
بارها شورای علمای شیعه با مقام‌های طالبان دیدار داشته وخواهان به‌رسمیت شناختن مذهب شیعه توسط حکومت این گروه شده‌اند.
مولی مهدی تنها فرمانده هزاره‌تبار طالبان که به تازگی از صف این گره جدا شده است می‌گوید که شیعیان افغانستان نادیده گرفته شده و در حکومت سهمی ندارند.
