روزنامه فرهیختگان ایران گزارش داد که به‌دنبال خودداری برخی از مکتب‌ها در اصفهان از ثبت‌نام دانش‌آموزان افغان، رئیس شورای اسلامی روستای رحیم‌آباد گفته است که مانع ثبت‌نام آن‌ها شده چون «آن‌ها بو می‌دهند.» صفایی گفته است که مهاجران افغان برای تحصیل باید به روستای دیگری بروند.
روزنامه فرهیختگان نوشته است که رئیس شورای اسلامی روستای رحیم‌آباد اصفهان اجازه ثبت‌نام کودکان افغان در مدارس را نداده و مدعی شده که «دانش‌آموزان مهاجر، بهداشت فردی را رعایت نمی‌کنند و بو می‌دهند.»
رئیس شورای اسلامی روستای رحیم‌آباد ممنوعیت ثبت‌نام دانش‌آموزان افغان را تأیید کرد و علت این تصمیم را «نارضایتی خانواده‌ها از حضور دانش‌آموزان اتباع» و «رعایت نکردن بهداشت فردی» توسط دانش‌آموزان مهاجر عنوان کرده است. او برای توجیه این اظهارات نژادپرستانه گفته است: «ما نمی‌گوییم که این‌ها نباید تحصیل کنند، می‌توانند به روستاهای دیگر بروند. ما خودسرانه عمل نکردیم و از بخشداری نامه داریم.»
با گذشت سه هفته از آغاز سال تحصیلی در ایران، هزاران کودک پناهنده افغان، با وجود داشتن مدارک قانونی، هنوز نتوانسته‌اند به تحصیل ادامه دهند.
وزارت آموزش و پرورش ثبت‌نام دانش‌آموزان غیرایرانی را مشروط به دریافت شناسه «یکتا» کرده و برای مدارس حدنصاب تعیین کرده است. با این حال، مسئولان در مناطق مختلف با بهانه‌های مختلف و نژادپرستانه مانع ثبت‌نام کودکان دارای کارت اقامت و کد یکتا می‌شوند. در برخی از موارد آن‌ها از دولت ایران خواسته‌اند مکتب‌های جداگانه‌ای برای مهاجران تأسیس کند.
بسیاری از فعالان حقوق بشر و خانواده‌های مهاجر در ایران، این سیاست‌ها را «نژادپرستانه» و مغایر با حقوق بشر دانسته و خواستار تغییر این رویکرد هستند. آن‌ها معتقدند که این نوع برخوردها تنها به افزایش فشار بر مهاجران و محروم کردن آن‌ها از حقوق اولیه‌شان منجر می‌شود.
تداوم این وضعیت به نگرانی‌های جدی در مورد آینده کودکان افغان و همچنین تبعات اجتماعی و فرهنگی آن در جامعه ایران دامن زده است.
