سه منبع در قندهار و دوبی با تایید این خبر گفتند که دلیل بازداشت او، تلاش برای ایجاد ساختاری جهت هماهنگی میان علمای دینی افغانستان و پاکستان بوده است.
طبق اظهارات منابع، او تلاش داشت تا با همکاری علمای دینی دو کشور، بستری برای کاهش خشونت و گفتوگو میان پاکستان و اداره طالبات فراهم کند. این اقدام در قالب نهادی با حضور علمای سرشناس افغان و پاکستانی انجام شد که در میان شان نامهایی مانند شیخ نظر محمد افغانی، مفتي نجیبالله منیب و مولانا شیخ زاهد رشیدی دیده میشود.
در اوایل ماه حمل، علمای مذکور در اعلامیهای خواستار تمدید آتشبس میان طالبان و حکومت پاکستان شدند. نام معتصم آغاجان نیز در میان اعضای آن ذکر شده بود.
منابع نزدیک به معتصم آغاجان گفتند که او علاوه بر سرمایهگذاری و فعالیتهای اقتصادی، یک مدرسه دینی شخصی نیز ساخته بود. منابع گفتند که او پیش از بازداشت، یک مدرسه دینی را در قندهار مدیریت میکرد.
برخی ناظران بر این باورند که رهبران طالبان، بهویژه هبتالله آخندزاده، در مورد فعالیتهای دینی و سیاسی خارج از ساختار رسمی این گروه حساسیت دارند و این حساسیت احتمالاً دلیل اصلی بازداشت معتصم بوده است.
پس از حمایت معتصم آغاجان که مسئول کمیته سیاسی شورای کویته بود، از مذاکرات حکومت حامد کرزی و طالبان، روابط وی با گروه طالبان تیره شد. او در سال ۲۰۱۱ در شهر کراچی پاکستان مورد سوءقصد قرار گرفت و زخمی شد.
در آن زمان، او در مصاحبهای با نشریه امریکایی دیلی بیست گفته بود که طالبان باید به یک گروه سیاسی تبدیل شود و به جنگ با دولت افغانستان خاتمه دهد. یک منبع طالبان نیز به این نشریه گفته بود که سوءقصد، پیامی برای معتصم و دیگران است تا از خط سرخ رهبر طالبان عبور نکنند.
گفته میشود که معتصم آغاجان پس از بازگشت طالبان به قدرت، با ضمانت یعقوب مجاهد، وزیر دفاع طالبان، از استانبول به افغانستان بازگشت. با این حال، طالبان به آزار او ادامه دادند. استخبارات طالبان در سال ۲۰۲۲ به منزل معتصم در کابل حمله کرده و اموال شخصی او را ضبط کرده بود.